Nella Chiesa superiore di Assisi, al 1623, frati e fedeli sentono ormai proprie le armonie figurative che sono divenute parte integrante di questa grande chiesa-reliquiario che custodisce il cuore pulsante dei frati minori: la tomba di Francesco. Chi entrava nella Basilica, nell'incerta luce del mattutino o al vespro, accolto dal salmodiare dei frati incrociava il suo sguardo con una grande croce posta su un’asse che era l’ultimo elemento rimasto dell’antica iconostasi che separava un tempo i frati dai fedeli, come vediamo in un affresco di Giotto. Se ne coglieva immediatamente la forma a differenza dell'immagine dipinta poco visibile per la distanza e forse anche perché offuscata dalla polvere accumulata in quasi quattrocento anni di ostensione.In quel 1623 si preparava una solenne celebrazione in Basilica per la consacrazione episcopale del legato di Perugia Francesco Boncompagni e in questa occasione la chiesa viene parata a festa e probabilmente quella croce sul tramezzo sarà parsa fuori posto e così "fatto calare a basso il Crocifisso, che stava sopra una trave in mezzo della medesima Chiesa" . la cronaca dell'evento ci è giunta quasi in contemporanea e attraverso una lettera che il vescovo di Assisi invia al Cardinale Federico Borromeo l'anno successivo, rilevando una curiosità che certamente avrà coinvolto molto i frati presenti quando la grande croce fu tolta dalla trave. "fu trovata à piedi di detto Crocifisso un'Effigie di Frat'Elia con l'habito di s. Francesco che è da Cappuccino con le scarpe all'Apostolica e con l'iscrizione che mando qui inclusa". L'iscrizione recitava "Frater Elias fecit fieri. Iesu Christe pie, miserere precantis Eliae. Guncta pisanus me pinxit. Anno D. MCCXXXVI Indictione nona".
Purtroppo la croce non ci è pervenuta. Spostata sulla controfacciata della chiesa, successivamente cadde distruggendosi.
Si è immaginato che questa croce di Giunta Pisano fosse il modello di numerose altre croci, soprattutto diffuse nella seconda metà del XIII secolo, a cominciare da quella eseguita dal “maestro di san Francesco” nel 1272. Questa croce presenta la figura di san Francesco in adorazione ai piedi del Crocifisso.
Ad Assisi l'immagine di frate Elia potrebbe aver sostituito, o meglio anticipato, l'effigie di Francesco? Poteva una croce datata 1272 avere avuto a modello una croce eseguita 35 anni prima? (fig. 3)
Malgrado l'indiscusso protagonismo del valente successore di Francesco, appare comunque strano che nella basilica del Santo il ruolo iconografico di Francesco che venera la croce - immagine che diverrà il simbolo della pietà di Francesco verso la Croce - fosse anticipato, nell'opera che probabilmente costituisce l'archetipo di tutte le croci francescane, dal ritratto di Frate Elia. Difficile soprattutto se si coglie il valore che il Santo connetteva a questa speciale devozione al Corpo e al Sangue di Cristo. Frate Elia era tuttavia qui rappresentato.
E’ possibile immaginare che la figura del frate committente comparisse sulla croce distinta da quella del Santo e che anche Francesco fosse presente nella figurazione?
E torniamo alla croce delle Clarisse fatta fare da Madre Benedetta a conclusione dei lavori di riadattamento della chiesa di san Giorgio per ospitare la cresciuta comunità delle Clarisse per chiederci se non fosse possibile per frate Elia occupare, sulla croce di Giunta, un posto analogo a quello che occupa Madre Benedetta sulla croce delle Clarisse.
L'iscrizione sulla croce delle clarisse ricorda che Benedetta fu la prima Badessa dopo Chiara così come, in pratica, frate Elia era stato il primo Generale dopo Francesco . Analoga è l’iscrizione sulla croce di frate Elia. Il silenzio delle cronache sulla presenza di Francesco nella croce di Giunta può essere considerato del tutto naturale dal momento che quando si scrisse per la prima volta di questo ritrovamento, nel 1624, l'immagine di Francesco ai piedi della croce faceva parte della consueta iconografia francescana e poteva non essere considerata degna di citazione.
Che la Badessa Benedetta abbia guardato alla croce voluta da frate Elia, copiandone il modello e in certo qual modo anche l'iscrizione, appare del tutto ovvio se solo pensiamo che la Basilica Francescana costituiva un riferimento significativo per le Clarisse.
Ancora parallelismi con la Basilica del Santo: si tratta di una nuova chiesa voluta dalla Badessa che succede a Chiara così come la ricca Chiesa del Santo era stata eretta e decorata, trent'anni prima, dal successore di Francesco alla guida dell'ordine. Perché dunque non lasciare il proprio nome su un'opera che svettava sulla trave del transetto della nuova chiesa così come aveva fatto frate Elia nella madre di tutte le chiese francescane ?
Sull’iconografia della misteriosa croce di Giunta Pisano che nel 1623 è riscoperta sul transetto della Basilica superiore abbiamo un’altra testimonianza.