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Nel 2007, nella chiesa di san Colombano (1), ferveva il cantiere per la realizzazione di una delle sedi del "Museo della città" (2). In maniera del tutto casuale, operando dei saggi sul logoro pavimento ottocentesco, lì dove era delimitato dalla parete sinistra della Chiesa, la martellina del muratore portava alla luce un frammento di colore, sotto il pavimento, in continuità con la parete (3). L'architetto Giordano che con l'architetto Scannavini, condivideva la responsabilità del cantiere, dispose ulteriori saggi che portarono alla luce il volto di un Cristo, (4) quasi certamente un crocifisso. Il ritrovamento, benché frammentario e appannato dalla terra ancora depositata sopra il colore, parve subito rilevante a Massimo Medica che lo vide per primo e successivamente al sottoscritto. Il primo nome che venne avanzato fu quello del Maestro dei Crocifissi Francescani. In ogni caso la scoperta consentiva finalmente di documentare la presenza di un importante maestro che, almeno per qualche tempo, aveva dimorato in città. In verità gli storici dell'arte non hanno mai potuto provare che uno dei grandi artisti del XIII secolo, le cui opere si custodiscono a Bologna, fosse vissuto in città. Il Crocifisso di Giunta Pisano in San Domenico, la Madonna con Bambino di Cimabue nella Chiesa dei Servi, i crocifissi del "maestro dei crocifissi francescani" in san Francesco e forse in altre chiese, la stessa rilevantissima tomba di san Domenico, sono tutte opere che possono essere state eseguite anche altrove e trasferite poi in città. Un'assenza di maestri e una presenza di opere che appare comunque strana per una città che nel XIII secolo è uno dei centri universitari più insigni d'Europa che fanno caso mai immaginare ben altre opere per le chiese e i palazzi bolognesi rispetto alle poche, se pur rilevanti, che ci sono pervenute.
I successivi lavori di scavo nella chiesa di San Colombano hanno interessato tutta l'aula della Chiesa e hanno portato alla luce una grande cripta a tre navate - un tempo delimitate da colonne - con tre absidi che mostrano tracce di affreschi più antichi della crocifissione, quasi certamente risalenti al secolo XI. Forse, nell'abside centrale ci troviamo davanti ai resti di un'Adorazione dei Magi. Veniva progressivamente alla luce un'importante stratificazione di culture che documenta la vitalità dell'insediamento praticamente ininterrotta dal mondo romano alla città medievale. Sulla prima cinta muraria di selenite viene sovrapposto il nostro edificio, in un'epoca che non è stata ancora precisata (5). I lacerti di affresco dell'abside documentano un'officiatura già nel secolo XI, forse anche nel X.
Alla cripta si accedeva da due scalinate laterali, addossate alle pareti della chiesa. Scesi i gradini dell'originaria scalinata sinistra, guardando l'abside, il fedele incontrava uno spazio, delimitato da due lesene aggettanti, che incorniciavano l'affresco testé riscoperto, che raffigura Cristo crocifisso tra la Madonna e san Giovanni.