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In questi stessi anni anche il calice è oggetto di una profonda trasformazione, sia nelle forme esteriori che nella simbologia rappresentativa. Ancora una volta le disposizioni del cardinale Borromeo risultano particolarmente significative. Il calice, stando alle Instructiones, può avere un piede "aut octangula, aut sexangula, aut alia eiusmodi". Una tipologia che in San Giacomo possiamo trovare solo "dipinta" sulle tele della Chiesa. ed è significativo che le tele eseguite negli stessi anni delle Instructiones o subito dopo, presentino forme consuete, ancora inconsapevoli delle novità che si stanno teorizzando.
Accanto alle tradizionali forme del calice dal piede polilobato, il prelato accetta anche altri modi, forse non definiti perché ancora in divenire e non codificati. Tutti però debbono essere decorati "aliqua sacra passionis mysteria significantes, nulla expressa sint ad ornatum significantes". Questa è davvero una novità nel panorama figurativo di quegli anni in cui i calici vengono decorati con motivi geometrici, serti floreali senza particolari significati e, nei casi più significativi, con la raffigurazione di santi di particolare devozione. Tutti questi segni dovranno essere sostituiti con altri legati al mistero della Passione.
Ancora una volta all'interno di una forma apparentemente immutata, si evolve profondamente il simbolo così che il celebrante, elevando il calice, possa fare memoria della passione del Cristo ricordata anche dalle immagini sbalzate sul piede, sul nodo e sul sottocoppa del calice.
Al contempo si rinnova il modello di calice. Il piede abbandona la forma polilobata per assumere quella circolare, il bottone o nodo centrale assume la forma di una pigna e il sottocoppa, solitamente realizzato in una sottile lamina d'argento, è sbalzato con motivi decorativi che richiamano il mistero eucaristico: ad esempio grappoli d'uva, la vite e spighe di grano.
Questo nuovo modello è poi destinato ad una evoluzione continua che affina e trasforma l'archetipo consentendo allo storico di apprezzare le "variazioni" nel corso degli ultimi decenni del secolo XVI e nei secoli XVII e XVIII.
In ciò siamo aiutati dalla possibilità che spesso si ha di datare perfettamente questi oggetti. Alle volte perché il donatore lascia incisa una data e un nome, in molte altre occasioni -